Example PHOENIX-BIDS structure

U24 uses PHOENIX-BIDS structure, which is slightly different from the PHOENIX structure. PHOENIX-BIDS was used to have more similarity to the BIDS structure, while maintaining protected vs general and raw vs processed concept of the PHOENIX.

Summary of the structure

<protected>/<study>/<processed>/<subject>/<datatypes>

PHOENIX/
├── PROTECTED
│   └── PronetAB
│       ├── raw
│       │   ├── AB00001
│       │   │   ├── mri
│       │   │   ├── eeg
│       │   │   ├── interviews
│       │   │   └── ...
│       │   └── ...
│       └── processed
│           └── AB00001
│               └── ...
└── GENERAL
        ├── raw
        │   ├── AB00001
        │   │   ├── surveys
        │   │   │   └── AB00001.Pronet.json
        │   │   └── ...
        │   └── ...
        └── processed
            └── AB00001

Different levels of the structure

Level 1: GENERAL or PROTECTED:

PHOENIX/
├── GENERAL
└── PROTECTED

Level 2: Sites (studies)

PHOENIX/
├── GENERAL
│   ├── PronetAB
│   ├── ...
│   └── PronetCD
└── PROTECTED
    ├── PronetAB
    ├── ...
    └── PronetCD

Level 3: raw or processed

metadata files are also saved in this level.

PHOENIX/
├── GENERAL
│   ├── PronetAB
│   │   ├── PronetAB_metadata.csv
│   │   ├── raw
│   │   └── processed
│   ├── ...
│   └── PronetCD
│       ├── PronetCD_metadata.csv
│       ├── raw
│       └── processed
└── PROTECTED
    ├── PronetAB
    │   ├── raw
    │   └── processed
    ├── ...
    └── PronetCD
        ├── raw
        └── processed

Level 4: Subject

PHOENIX/
├── GENERAL
│   └── PronetAB
│       ├── raw
│       │   ├── AB00001
│       │   ├── AB00002
│       │   └── AB00003
│       └── processed
│           ├── AB00001
│           ├── AB00002
│           └── AB00003
└── PROTECTED
    └── ...

Level 5: Data types

surveys, mri, eeg, interviews, actigraphy etc.

PHOENIX/
├── PROTECTED
│   └── PronetAB
│       ├── raw
│       │   ├── AB00001
│       │   │   ├── surveys
│       │   │   │   └── AB00001.Pronet.json
│       │   │   ├── mri
│       │   │   │   ├── AB00001.Pronet.Run_sheet_mri.csv
│       │   │   │   └── AB00001_MR_2022_01_01_1
│       │   │   ├── eeg
│       │   │   │   ├── AB00001.Pronet.Run_sheet_eeg.csv
│       │   │   │   └── AB00001_eeg_20220101.zip
│       │   │   ├── interviews
│       │   │   │   ├── open
│       │   │   │   ├── psychs
│       │   │   │   └── transcripts
│       │   │   └── actigraphy
│       │   └── ...
│       └── processed
│           └── ...
└── GENERAL
    └── ...